Masjid dengan kapasitas jama’ah hingga 270 orang ini berada satu komplek dengan SRIT. Rancangan bangunan terdiri dari 4 lantai dengan total luas tanah 200 m2 dan luas lantai 600 m2. Kemiringan lahan yang disesuaikan dengan arah kiblat. Basement 2 dibuat khusus untuk toilet serta tempat wudhu agar tidak tercampur dengan ruang shalat. Pada basement 1 di sebelah kanan pintu masuk luar, terdapat perpustakaan dan pusat kebudayaan Indonesia. Dengan adanya ruang ini, maka semua warga yang ingin bertanya tanya tentang Islam ataupun Indonesia dapat dilayani di ruangan ini. Selain itu terdapat juga dapur umum yang bisa digunakan untuk kegiatan-kegiatan yang selama ini dilaksanakan oleh lembaga/organisasi islam di jepang.

Ruang shalat terdiri dari lantai basement 1, lantai 1 (pria), dan lantai 2 (wanita). Pada lantai 1 terdapat pintu penghubung dengan ramp untuk memfasilitasi pengguna kursi roda. Adapun lantai 2 terhubung juga dengan aula SRIT sehingga dapat digunakan untuk shalat yang masif seperti shalat jum’at dan shalat ied. Tersedia tempat parkir darurat untuk ambulans dan akses bagi pengguna kursi roda untuk memasuki masjid.